明治三十九年、明治政府により「近隣の中小神社は、当該地域の有力神社に合祀・統合せよ」という旨の『神社合祀令』が発令され、本牧地区に点在していた六社のお社の御神霊が、当本牧神社に合祀され、境内に摂末社として祀られた。本牧神社は摂末社の神々と共に先の大東亜戦争の敗戦により、米軍による強制接収を受けた。神々は昭和二十八年に本牧二丁目に建立された仮社殿の御本殿深く祀られ続け、それぞれの大祭式も慣例通り斎行されていた。平成五年、米軍の接収解除により、本牧和田の新天地の現在地への御遷座を機に更なる御神徳発揚を願い、氏子崇敬者有志の勧進により、それぞれの社殿を新たに構え、本殿からお遷り頂くことができた。